Typische Symptome für Erkrankungen des Atmungsapparats sind Fressunlust, Atembeschwerden, Entzündungen der Maulhöhle und krankhafte Atemgeräusche. Bei ausgedehnten Erkrankungen ist auch Ausfluss aus der Luftröhre anzutreffen. Nasenausfluss tritt bei Schlangen dagegen sehr selten auf.

Schlangen leiden relativ oft unter Lungenentzündungen. Neben den oben erwähnten Lungenparasiten und der Paramyxovirus-Infektion kommen häufig bakteriell bedingte Lungenentzündungen vor. Etwa die Hälfte der Erkrankungen werden durch Pseudomonas aeruginosa verursacht. Darüber hinaus kommen Infektionen mit Stenotrophomonas maltophila und Burkholderia cepacia vor. Pilze und Hefen scheinen bei Schlangen deutlich seltener als beispielsweise bei Landschildkröten vorzukommen.
Auch Protozoen (Monozeromonaden) kommen als Auslöser in Betracht.

Die Therapie besteht im Regelfall in der Gabe von Antibiotika und einer Erhöhung der Umgebungstemperatur auf 30°C, die Heilungsaussicht ist aber unsicher.