Zwei häufigere Virusinfektionen kommen spezifisch bei Schlangen vor: Die Paramyxovirus-Infektion der Schlangen wird durch das Ophidian Paramyxovirus (OPMV, auch Schlangen-Paramyxovirus; Familie Paramyxoviridae) hervorgerufen und weist eine sehr hohe Mortalität auf. Die Erkrankung geht mit einer Lungen- und Gehirnentzündung mit zentralnervösen Erscheinungen einher. Die Einschlusskörperchenkrankheit (IBD) ist eine Retrovirus-Erkrankung und äußert sich in zentralnervösen Erscheinungen und Sekundärinfektionen infolge einer Immunsuppression.

Bakteriell bedingte Septikämien werden bei Schlangen vor allem durch Pseudomonas und Aeromonas spp. hervorgerufen. Salmonellen treten bei Schlangen häufig auf, sie gehören vermutlich zur normalen Darmflora. Sie können aber auch Darmentzündungen, selten auch eine Septikämie hervorrufen. Die Tuberkulose verläuft bei Schlangen meist subchronisch und wird vor allem durch Mycobacterium thamnopheos, M. marinum und M. chelonei verursacht. Sehr häufig treten bei Schlangen lokale bakterielle Infektionen mit Abszess-Bildung auf. Sie entwickeln sich vor allem nach Verletzungen oder Läsionen von Parasiten. Hierbei dominieren gram-negative Erreger.

Pilzerkrankungen (Mykosen) betreffen bei Schlangen vor allem die Haut (Hautpilz). Es handelt sich meist um überall im Boden vorkommende Pilzarten, die vor allem den Bereich der Bauchschuppen nach Verletzungen besiedeln. Das Keimspektrum ist sehr weit, unterscheidet ich aber deutlich von dem der Säugetiere. Auch Systemmykosen kommen bei Schlangen vor und befallen den Darm, die Lungen und andere Organe. Häufigere Vertreter sind Cephalosporium spp., Rhizopus arrhizius und Schizangiella ssp.