Futterverweigerung ist ein typisches Symptom für Erkrankungen des Verdauungsapparats. Allerdings kann Fressunlust auch durch psychischen Stress ausgelöst werden. Bei neugeborenen Schlangen, bei einigen Arten auch während der Trächtigkeit und bei männlichen Tieren in Paarungsbereitschaft (insbesondere bei den Boas) kann sie physiologisch auftreten.

Die Maulfäule ist eine bakterielle Entzündung der Maulschleimhaut, die besonders bei schlecht konditionierten Schlangen unter mangelnden Haltungsbedingungen auftritt. Sie ist durch Fressunlust und meist flockige Exsudatansammlungen gekennzeichnet.

Entzündungen der Magenschleimhaut (Gastritis) kommen bei Schlangen recht häufig vor. Neben Parasiten wie Spulwürmer, Nematoden, Monozeromonaden und Kryptosporidien treten auch bakterielle Erkrankungen, zumeist durch gramnegative Keime auf. Eine Gastritis äußert sich in Fressunlust und Erbrechen angefaulter Nahrung etwa 1–3 Tage nach der Fütterung. Darmentzündungen (Enteritis) sind ebenfalls recht häufig und haben ein ähnliches Ursachenspektrum wie Gastritiden. Neben Fressunlust können Durchfall, krampfhafte Körperbewegungen, Blähungen oder ein Kloakenvorfall auftreten. Die Behandlung richtet sich nach der Ursache, dennoch können diese Magen-Darm-Erkrankungen nicht immer auskuriert werden.

Verstopfungen treten vor allem bei Riesenschlangen auf. Ursache sind Wassermangel, Fremdkörper, niedrige Umgebungstemperatur und unter Umständen zu große Futtertiere. Sie äußern sich in fehlendem Kotabsatz, Pressen und unter Umständen einem Kloakenvorfall. Durch Eingeben von Paraffin und vorsichtige Massage lassen sie sich meist beheben.